Inhalt: Nachdem Michael Scofield (Wentworth Miller) der Hölle von Sona entkommen konnte, befindet er sich erneut auf der Flucht. Mehr denn je wollen sich er und sein Bruder Lincoln (Dominic Purcell) an der finsteren "Company" und ihren grausamen Handlangern rächen, allen voran an Gretchen (Jodi Lyn O'Keefe), die Michaels Leben zerstört hat. Dabei stoßen sie auf eine mysteriöse Speicherkarte, die möglicherweise der Schlüssel zur Freiheit ist. Denn mit den darauf enthaltenen Daten könnte die "Company" endlich zur Strecke gebracht werden. Doch der Datensatz ist unvollständig. Es existieren fünf weitere Karten, die zusammen den Decknamen "Scylla" tragen. Als die "Company" erfährt, dass Michael und Lincoln drauf und dran sind, ihre geheimen Machenschaften aufzudecken, entbrennt ein gnadenloser Wettlauf, der schmerzhafte Opfer auf beiden Seiten fordert...